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primer如何设计引物

首先,选取目的基因序列,对格式没有什么要求,只需要将目的基因序列复制就可以。

2.打开File目录下的New,选择Sequence。这里的另一个Project选项...

3.打开Sequence后,会弹出粘贴框,只需要将刚刚复制的基因序列粘贴上即可,...

4.选择上方的红蓝双向箭头的按钮进行引物设计,在设计开始前可以更改设计的参数,...

怎样在NCBI的primer blast里设计Q-PCR的引物

方法/步骤

1、首先打开NCBI，选择“Nucleotide”，并在搜索框输入基因名。一般用目标基因的突变体1去设计引物，也就是要选择目标基因的“transcript variant 1, mRNA ”,没有1就用2、3，以此类推。因为是Q-PCR，所以要去掉内含子，因此用mRNA。

2、从上一个页面点击FASTA，可以看到mRNA的序列。

3、搜索“NCBI BLAST”并点击进入，可以看到如下界面，往下拉。

4、点击进入"Primer-BLAST"

5、从第二步的页面复制序列或者序列号，粘贴在第一个框里。修改产物长度，即“PCR product size”,一般为100-200之间最好。还要选择“Exon junction span”为“primer must span an exon-exon junction”,这是为了排除DNA污染。其它的参数都可以不改。

6、把网页往下拉到底，点击左下角的“Get Primers”，耐心等待几分钟，网页就会弹出设计好的引物。

7、最后一步就是选择引物了。要选择自我配对和互相配对度低，产物长度尽量小的等等。需要指出的是，要注意看引物对非目标基因的检测潜力，如果它对于目标基因相似基因扩出的产物长度与目标产物长度一样长，这个引物的非特异性就很强，不能要。

如何进行引物设计

如果这一对通用引物没有信号，说明你这个菌在这两个位置有snp，导致扩增不出来。几个方法可以参考一下。

1:你们大概知道这个菌的种属，那么就去ncbi上找近缘物种的16s序列，做序列比对，设计简并引物，扩增出全长，测序。

2:你们完全不知道种属，上网多找几对通用引物，最好是扩增V3V4区或者V4区的，扩增出部分再去测序比对，一般能确认属，再按照1的方法做。

3:在方法2能扩增部分序列但是设计全长引物扩增失败的情况下，利用得到的部分序列做race。

4:前面全部失败，提取DNA做2代测序，直接测基因组（如果觉得成本太高，可以少测点数据量，够比较就可以了）。

诺唯赞上如何设计引物

引物是人工合成的两段寡核苷酸序列，一个引物与目的基因一端的一条DNA模板链互补，另一个引物与目的基因另一端的另一条DNA模板链互补。在PCR（聚合酶链式反应）技术中，已知一段目的基因的核苷酸序列，根据这一序列合成引物，利用PCR扩增技术，目的基因DNA受热变性后解链为单链，引物与单链相应互补序列结合，然后在耐高温DNA聚合酶作用下进行延伸，如此重复循环，延伸后得到的产物同样可以和引物结合。

设计简单的引物；如何通过PCR获得目的基因

获取目的基因，要知道转录版本全长，然后设计上下游引物。

检测目的基因表达，只要设计上下游引物，扩增基因的100--200个碱基就可以了。

或者你的提问本身有问题，基因碱基是互补的，知道一条，就可以设计上下游引物。